在南通車管所辦理車輛抵押登記，需要按以下步驟進行。

首先，要準備好相關證明材料。機動車所有人需準備身份證原件和復印件，如果戶口不在當?shù)?，還得提供居住證明。同時要提供車輛抵押合同原件、抵押權人的身份證明及復印件、抵押權人和機動車所有人的委托書，還要帶上機動車登記證，并填寫《機動車抵押登記/質押備案申請表》。

接下來是抵押登記流程。填寫《機動車抵押/注銷抵押登記申請表》，機動車所有人和抵押權人一同提交上述準備好的證明材料，包括身份證明、登記證書以及相關合同。車管所會在受理日內在登記證書上記錄抵押登記信息。

需要注意的是，南通還有其特定的流程。南通借資機構會先受理借資人資料，然后對借資人進行家訪、調查以及評估汽車價值，初步預定借資額度，辦理委托公證和借資公證，收押借資人相關證件，最后由車管所辦理抵押登記并放款。

另外，法律依據(jù)《機動車登記規(guī)定》，申請抵押登記由機動車所有人和抵押權人共同申請，確認申請信息，并提交機動車所有人和抵押權人的身份證明、機動車登記證書、機動車抵押合同。車輛管理所自受理之日起一日內，會審查提交的證明、憑證，在機動車登記證書上簽注抵押登記的內容和日期。