電動摩托車扣分不一定會扣機動車駕駛證。電動摩托車雖屬于機動車，但一般有自身獨立的管理規(guī)定和記分制度。若駕駛?cè)藘H持有電動摩托車相關(guān)駕駛證，其違章扣分自然不會涉及機動車駕駛證。然而，要是駕駛?cè)送瑫r持有機動車駕駛證，且在駕駛電動摩托車時出現(xiàn)嚴重違章行為，比如引發(fā)交通事故，就可能會依據(jù)具體情況對機動車駕駛證記分，各地規(guī)定也存在差異。

從電動車的分類來看，電動自行車、電動輕便摩托車和電動摩托車有著不同的規(guī)定。騎行新國標的電動自行車不需要駕駛證，因其屬于非機動車，違章不會被扣分，通常面臨的是警告或者五元以上五十元以下罰款。而非機動車駕駛?cè)艘蔷芙^接受罰款處罰，執(zhí)法部門有權(quán)扣留非機動車。

電動輕便摩托車和電動摩托車則屬于機動車范疇，駕駛它們需要相應(yīng)的機動車駕駛證。當駕駛?cè)诉`反規(guī)定被扣留駕駛證時，就會按規(guī)定扣機動車駕駛證的分數(shù)。比如在一些城市，對于電動摩托車闖紅燈、逆行等違章行為，若駕駛?cè)送瑫r持有汽車駕駛證，就會在該駕駛證上記分。

另外，電動摩托車和小型汽車的駕駛證在一個駕駛本上，累計積分都是12分一個周期。并且電動摩托車在第2年、第4年、第8年需要進行免檢車合格標志申領(lǐng)，在第6年、第10年需要前往檢測機構(gòu)進行上線檢測，十年以上的每年都需要進行審驗。

總之，電動摩托車扣分與機動車駕駛證是否關(guān)聯(lián)，要綜合多方面因素考量。不同類型電動車規(guī)定有別，各地執(zhí)行標準也存在差異。駕駛?cè)嗽隍T行電動摩托車時，務(wù)必了解當?shù)匾?guī)定，遵守交通法規(guī)，避免不必要的扣分和處罰，確保安全出行。