如果對首都之窗違章查詢結(jié)果有異議，可以通過以下方式處理。

首先，收到有異議的違章短信后，攜帶本人身份證、駕駛證、車輛行駛證到交警部門處理違章，拿到《處罰決定書》，先繳納有異議的罰款，申訴成功后會撤銷違章并退還罰款。

其次，準備好上述材料，到主管公安機關(guān)或上一級公安機關(guān)道路交通機關(guān)領(lǐng)取《行政復(fù)議申請表》，詳細填寫相關(guān)信息，說明撤銷處罰的原因，并附上相關(guān)法律法規(guī)依據(jù)，提高申訴成功率。

然后，將填好的資料提交到相關(guān)部門窗口，若代辦需提供代辦人身份證和申請人的《委托代理授權(quán)書》。

接著，等待交警部門工作人員審核結(jié)果。根據(jù)規(guī)定，主管公安機關(guān)或上一級公安機關(guān)道路交通機關(guān)應(yīng)在收到申訴后五日內(nèi)做出裁定，一般一周內(nèi)會收到申訴結(jié)果。

如果申訴成功，交警部門會撤銷違章處罰并退還罰款；若申訴失敗，也會給出相應(yīng)原因。若對申訴結(jié)果不滿意，還可向當?shù)厝嗣穹ㄔ禾崞鹪V訟。

需要注意的是，申訴時要準備充分的相關(guān)證據(jù)，比如行車記錄儀視頻、照片等能證明自身行為合法或處罰有誤的材料，以保障自身合法權(quán)益。