電子油門加速器存在一些缺點，比如會讓手動擋車型的油離配合難度加大，在車輛起步或換擋時更難精準控制。

而且它會使車輛油耗增加，因為油門響應更靈敏，駕駛風格會更激烈。

另外，對于自動擋車型，降檔會更主動，在復雜路況或特殊天氣下，可能給駕駛者帶來不便和安全隱患。

不過，這些缺點并非完全無法改善。

對于手動擋車型的油離配合問題，可以通過不斷練習來適應更靈敏的油門。

關于油耗增加，保持良好的駕駛習慣，避免急加速和急剎車，能在一定程度上控制油耗。

而對于自動擋車型在特殊路況下的不便，駕駛者提高警惕，提前預判路況，合理控制車速和油門，也能降低風險。

需要注意的是，電子油門加速器本身只是放大油門信號，提高油門響應靈敏度，它并不能從根本上提升車輛的動力，只是改變了駕駛者的操作感受。