處理車牌號被套牌的違章問題，需及時報案、準備證據(jù)，并配合交管部門調(diào)查以撤銷違章記錄。

發(fā)現(xiàn)車牌被套牌且有違章后，要立刻行動。首先，向機動車登記地的公安機關交通管理部門報案，詳細說明車輛信息，如車型、顏色、車架號，以及被套牌違章情況，包括違章時間、地點等。同時，準備好相關證據(jù)，像車輛外觀照片、行車記錄儀視頻、停車小票、高速收費憑證等，以此證明違章發(fā)生時自己的車輛不在違章地點。

接著，交管部門會展開調(diào)查，通過調(diào)取監(jiān)控視頻、卡口抓拍等方式核實情況。若確認是被套牌，便會撤銷違章記錄。在此期間，車主需積極配合完成后續(xù)流程，提供信息協(xié)助查找套牌車輛。若套牌車造成了其他損失，還可通過法律途徑要求賠償。

處理車牌號被套牌的違章問題，關鍵在于及時采取行動，準備充分的證據(jù)，并與交管部門緊密配合，這樣才能有效維護自身權(quán)益，讓套牌者受到應有的懲處。